En los lagos y lagunas, es muy común que se presenten situaciones que indican la entrada de material orgánico (nutrientes) e inorgánico en proceso de descomposición o tóxicos, como grasa, detergentes comunes, cloros, nitratos, fosfatos, entre otros. Los cuales pueden venir arrastrados por aguas residuales provenientes de las comunidades cercanas, áreas de cultivo, o bien de industrias ocasionando que dentro de los cuerpos de agua crezcan plantas tóxicas como lo son el lirio y la lenteja de agua. Plantas que tienen la capacidad de dominar las condiciones del ecosistema, impidiendo la entrada de rayos solares a los ríos, lagos o lagunas y aprovechando el oxígeno atmosférico en el día y el oxígeno disuelto por las noches. Y como consecuencia, se hace imposible la fotosíntesis productora de oxígeno dentro de los cuerpos de agua, a la vez que aumenta la actividad metabólica de las plantas consumidoras de oxígeno (respiración aeróbica). De esta manera en el fondo se agota pronto el oxígeno y el ambiente se vuelve anóxico (sin oxígeno).
Los indicadores que se presentan generalmente por este desorden en el ecosistema, son natas superficiales, crecimiento excesivo de algas, pHs altos, malos olores, mortandad de peces por anoxia y haciendo imposible la supervivencia de especies que formaban parte del ecosistema, afectando a la fauna microscópica que abundaba en el cuerpo de agua debido a la falta de luz solar, a la excesiva demanda de oxígeno o falta de oxígeno disuelto y a la intoxicación por compuestos que se acumulan en el fondo de las lagunas.
Ante esto se hace necesario, ayudar a cambiar las condiciones imperantes, inyectando oxígeno y abriendo espacios en los que se logren dar intercambios de gases tóxicos, (que salgan hacia la atmósfera), por oxígeno (que entre). Además de implementar la siembra de microorganismos que degradan los nutrientes y el material orgánico en el cuerpo de agua de manera acelerada, la materia orgánica de peces, los desechos de los patos, plantas muertas, hojas, fertilizantes y algas.
El objetivo es restablecer el equilibrio, acelerando la degradación biológica dentro del sistema mediante la siembra de bacterias saprófitas (que comen residuos) en el lago y con ayuda de oxígeno, permitir que éstas controlen el sistema provocando el decrecimiento de la población de las plantas tóxicas.
Los aditivos biológicos especializados adicionados a aguas estancadas, metabolizarán los contaminantes orgánicos, con ayuda de oxígeno, hasta obtener suelo mineral, agua limpia y bióxido de carbono.